Este mundo já passou por muitos anoiteceres e está lentamente se aproximando de seu fim. Dentro deste mundo, nos confins ocidentais do "Terra do entardecer," havia uma nação que prosperou graças ao seu uso da alquimia.
Ali, a fim de sobreviver à eventual chegada do "Dusk End," o povo dedicou seus esforços para redescobrir e recriar as tecnologias alquímicas perdidas. A tecnologia redescoberta da era passada foi reunida na cidade de pesquisa da alquimia conhecida como "Central," onde foi realizada uma pesquisa sobre como deter o avanço do crepúsculo.
Um dos heróis é um jovem que pesquisou a alquimia em Central, o outro é uma garota que vive em uma pequena cidade na fronteira. Esta menina' o nome desta menina é Escha. No processo de usar seus conhecimentos de alquimia antiga para ajudar os outros, ela foi designada para o Departamento de Desenvolvimento. O nome do jovem's chama-se Logy. Tendo aprendido as mais novas técnicas de alquimia na Central, ele solicitou uma transferência para esta cidade com falta de pessoal para fazer uso de suas habilidades, e conhece Escha quando ele é designado para o Departamento de Desenvolvimento também. Os dois fazem a promessa de usar sua alquimia juntos e trazer sucesso para o Departamento de Desenvolvimento.
(Fonte: Tecmo Koei Europa)